关于机动车实习期内被扣分后的处理程序如下所示：
首先，请您携带交通违法行为处罚决定书前去相关银行进行罚款的缴纳工作；
其次，在处理完毕罚款缴纳事项后，带着罚款收据、交通违法行为处罚决定书以及涉事驾驶员的驾驶证、车辆行驶证、记分卡和个人身份证明等文件前往交警大队的违章处理窗口进行后续处理。
在此，我们特别提醒您，若机动车实习期内累计扣分数达到12分，将会被注销该驾驶员的实习期内对应准驾车型的驾驶资格。

《机动车驾驶证申领和使用规定》第六十二条
机动车驾驶人在机动车驾驶证的六年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发十年有效期的机动车驾驶证；在机动车驾驶证的十年有效期内，每个记分周期均未记满12分的，换发长期有效的机动车驾驶证。