现在都是两证合一，一本驾照不管是摩托车还是汽车违规都扣一本的分，摩托扣分就是扣得驾照分。
如果摩托车违章扣分了，不会影响考驾照，但是你买新汽车上牌时，如果摩托车的车主名字与你汽车的车主名字一致的话，就会影响上牌，要先把摩托车的违章消掉才行。
摩托车违章如果是是一般超速或闯灯，只要交纳罚款就行了。

《道路交通安全法》第八十九条
行人、乘车人、非机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者五元以上五十元以下罚款；
非机动车驾驶人拒绝接受罚款处罚的，可以扣留其非机动车。