在车辆发生自燃的情况下，保险公司将会按照相应的条款进行赔偿。以下是具体的操作流程：若车主已投保车辆自燃附加险，且车辆遭遇事故后应立即向所选定的保险公司申报，涉及到重大火灾时还需积极地与当地的公安消防部门取得联系；接下来，保险公司将派遣专业人员亲临事故现场进行实地查勘，并与受损方车主共同协商确定理赔细则；经过核实无误后，车主可向保险公司递交理赔申请及相关证明文件；
最后，保险公司将根据实际情况进行审核并作出最终的理赔决定。

《道路交通事故处理程序规定》第四十二条
投保机动车交通事故责任强制保险的车辆发生道路交通事故，因抢救受伤人员需要保险公司支付抢救费用的，公安机关交通管理部门应当书面通知保险公司。抢救受伤人员需要道路交通事故社会救助基金垫付费用的，公安机关交通管理部门应当书面通知道路交通事故社会救助基金管理机构。道路交通事故造成人员死亡需要救助基金垫付丧葬费用的，公安机关交通管理部门应当在送达尸体处理通知书的同时，告知受害人亲属向道路交通事故社会救助基金管理机构提出书面垫付申请。