先协商，协商不成向法院起诉。

涉疫合同纠纷属于普通民事纠纷，可以通过以下方式处理：
1、协商，合同当事人在友好的基础上，通过相互协商解决纠纷，这是最佳的方式。
2、调解，合同当事人如果不能协商一致，可以要求有关机构调解，当事人还可以要求合同管理机关、仲裁机构、法庭等进行调解。
3、不愿调解的，可根据合同中规定的仲裁条款或双方在纠纷发生后达成的仲裁协议向仲裁机构申请仲裁。
4、诉讼，如果合同中没有订立仲裁条款，事后也没有达成仲裁协议，合同当事人可以将合同纠纷起诉到法院，寻求司法解决。

《民事诉讼法》第一百一十九条
起诉必须符合下列条件：
（一）原告是与本案有直接利害关系的公民、法人和其他组织；
（二）有明确的被告；
（三）有具体的诉讼请求和事实、理由；
（四）属于人民法院受理民事诉讼的范围和受诉人民法院管辖《人民调解法》第二条
本法所称人民调解，是指人民调解委员会通过说服、疏导等方法，促使当事人在平等协商基础上自愿达成调解协议，解决民间纠纷的活动。