当借款合同发生纠纷时，当事人双方首先应及时协商解决。因为协商解决有利于维护双方的感情，有利于以后继续合作，而且协商解决简便、迅速、耗费少、便于执行，因而是一种常用方法。如果当事人协商不成，任何一方均可向合同管理机构申请调解、仲裁，也可以直接向人民法院起诉，但应注意三年诉讼时效的限制。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。