需要。
建设工程承包合同包括总包合同、分包合同和转包合同。
印花税是一种行为税，施工单位与建设单位签订总包合同，发生了应税行为，应就总包合同贴花；
施工单位与其他施工单位签订分包或转包合同，又是一种新的应税行为，同样应按分包合同或转包合同所载金额计税贴花。
因此，尽管公司已就总包合同贴花，该施工单位签订的分包项目协议书仍应按万分之三的税率缴纳印花税。

《印花税暂行条例》第2条
下列凭证为应纳税凭证：
(一)购销、加工承揽、建设工程承包、财产租赁、货物运输、仓储保管、借款、财产保险、技术合同或者具有合同性质的凭证；
(二)产权转移书据；
(三)营业帐簿；
(四)权利、许可证照；
(五)经财政部确定征税的其他凭证。