建设工程施工合纠纷可以在合同中约定管辖，但不得违反《民事诉讼法》对级别管辖和专属管辖的规定。

《中华人民共和国民事诉讼法》第十七条，基层人民法院管辖第一审民事案件，但本法另有规定的除外。
第十八条，中级人民法院管辖下列第一审民事案件：
(一)重大涉外案件；
(二)在本辖区有重大影响的案件；
(三)最高人民法院确定由中级人民法院管辖的案件。
第十九条，高级人民法院管辖在本辖区有重大影响的第一审民事案件。
第二十条，最高人民法院管辖下列第一审民事案件：
(一)在全国有重大影响的案件；
(二)认为应当由本院审理的案件。
第三十三条，下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：
(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖；
(二)因港口作业中发生纠纷提起的诉讼，由港口所在地人民法院管辖；
(三)因继承遗产纠纷提起的诉讼，由被继承人死亡时住所地或者主要遗产所在地人民法院管辖。