区别在于两者的定义不一样，受保护的法律不一样。
一个是劳动合同受《劳动法》、《劳动合同法》等法律法规保护。
另一个是协议，受《民法典》保护。

《劳动合同法》第一条
为了完善劳动合同制度，明确劳动合同双方当事人的权利和义务，保护劳动者的合法权益，构建和发展和谐稳定的劳动关系，制定本法。