损失由债权人承担。如果已经提存，那就是意味着双方的债权债务已经消灭，提存的原因归于债权人，因此如果标的物损失，当然是由债权人承担。但是如果是有关部门在提存时存在过失，也会承担相关责任。
《民法典》第五百七十三条 标的物提存后，毁损、灭失的风险由债权人承担。提存期间，标的物的孳息归债权人所有。提存费用由债权人负担。