运输合同纠纷时处理专门法院管辖的问题的基本原则是：
1、如果是采用单一运输工具，则按运输工具不同来确定管辖法院，比如采用水运，则由海事法院管辖，采用铁路运输，则由铁路运输法院管辖；
2、如果是采取联合运输，根据具体情况，凡是与海事有关的，由海事法院管辖，与铁路运输有关的，由铁路运输法院管辖；
3、在联合运输中，如果同时存在水运和铁路运输的，如何确定管辖法院，法律并未作出具体规定，在这处情况下，可以由当事人选择法院管辖。
《民法典》第八百零九条?运输合同是承运人将旅客或者货物从起运地点运输到约定地点，旅客、托运人或者收货人支付票款或者运输费用的合同。