根据相关规定，公司名下的摩托车是允许进行私有化转让的。
然而由于车辆所有权属于公司这一特殊性质，因此在办理相关手续时，需要提交单位的组织机构代码证。现如今已实行“三证合一”政策，因此，除此之外还需准备代理商的身份证明文件、公司公函等相关材料，同时也需要购买方提供其本人的身份证原件及其复印件等必要资料。

《中华人民共和国机动车登记办法》第十九条
车辆管理所办理转出登记时登记下列事项：
(一)现机动车所有人的姓名或者单位名称、身份证明号码或者单位代码、住所的地址、邮政编码和联系电话；
(二)转入地车辆管理所的名称；
(三)转出登记的日期。属于机动车所有权发生转移的，还应当登记下列事项：
(一)机动车获得方式；
(二)机动车来历凭证的名称、编号和进口机动车的进口凭证的名称、编号；
(三)《中华人民共和国海关监管车辆解除监管证明书》的名称、编号；
(四)机动车销售单位或者交易市场的名称和机动车销售价格。