从一般的法律原则来看，并未完成登记备案程序的合同专用章所签署的合同并不必然归于无效。
然而，若合同专用章为真实可靠，且缔约双方在签订合同时都表现出了真诚而明确的意向表达及相关条款内容皆符合法定标准，那么无论是否已进行过登记备案手续，此类合同均会被广大法律界定认可其有效性。
不可否认的是，在合同履行过程中或发生争议之时，若该合同专用章尚未完成登记备案程序，很可能会给证明其真实性以及效力带来额外的困难与挑战。

《中华人民共和国民法典》第四百九十条
当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。
法律、行政法规规定或者当事人约定合同应当采用书面形式订立，当事人未采用书面形式但是一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同成立。