依据现行法律法规，若抵押合同被判决为无效，登记机关不得为其进行登记手续，有此类情况发生时，相关利益方有权申请核销已作登记。
抵押合同乃是设立抵押登记的基础所在，因此若此基础不存在乃至无效，登记便失去了其合法性和有效性。
在业已通过民事诉讼确认抵押合同无效之后，益相关当事人可依法向不动产登记机构申请终止抵押权益。

《中华人民共和国民法典》第四百条
设立抵押权，当事人应当采用书面形式订立抵押合同。
抵押合同一般包括下列条款：
(一)被担保债权的种类和数额;
（二）债务人履行债务的期限;
(三)抵押财产的名称、数量等情况;
（四）担保的范围。