如果主合同已经实际履行。

如果主合同已经实际履行，主合同及补充协议均有效。
主合同尚未生效，补充协议内容可独立履行的，补充协议有效；
不能独立履行的，效力待定。
补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同基本关系。
当然，主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。
在日常合同管理过程中，正因为有了补充合同这种特殊形式，所以能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。
当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条
款为准执行，因为时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质，如果仍以主合同的原条
款为准执行，那么就失去了补充合同存在的意义。

《中华人民共和国民法典》第五百零七条
争议解决条
款效力：
合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条
款的效力。