公司进行清算后注销，但清算程序存在瑕疵。该种情形，按照《公司法》的相关规定，公司依照法定清算程序后注销，但清算组成员违法未向债权人履行通知义务或者履行通知义务不合法的，债权人有权要求清算组成员直接承担赔偿的责任。

《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》第11条
清算组未按照前款规定履行通知和公告义务，导致债权人未及时申报债权而未获清偿，债权人主张清算组成员对因此造成的损失承担赔偿责任的，人民法院应依法予以支持。