在特定情况下，汽车维修机构扣留车主的车辆并不必然构成违法行为。
依据相关法律法规，若扣留人对扣车行为拥有合法的留置权，那么债务方有义务支付相应的维修费用；反之，如果未按期支付，留置权人便具有优先受偿该项动产的权利。
同时，法律还规定了留置权人所留置的动产必须与债权人享有的债权属于同一法律关系范畴之内。

《中华人民共和国民法典》第四百四十七条
债务人不履行到期债务，债权人可以留置已经合法占有的债务人的动产，并有权就该动产优先受偿。前款规定的债权人为留置权人，占有的动产为留置财产。
第四百四十八条
债权人留置的动产，应当与债权属于同一法律关系，但是企业之间留置的除外。
第四百四十九条
法律规定或者当事人约定不得留置的动产，不得留置。