工程款纠纷三年内可以起诉。诉讼时效是指民事权利受到侵害的权利人在法定的时效期间内不行使权利，当时效期间届满时，债务人获得诉讼时效抗辩权，从知道或应当知道拖欠行为起算。我国法律规定诉讼时效可以通过一定的主张权利行为得以中断，中断后诉讼时效可以重新计算。政府有关部门应对建设单位上报的项目进行严格审查，尤其是投资能力的审查，严格执行先落实资金，后上项目的原则，严格审查上报项目的资金落实情况。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。