1、债权人在诉讼时效期限内，可直接向债务人原居住地或者财产所在地的人民法院提起诉讼，追计债款。起诉时应持有借据等证明借贷关系存在的证据，法院就会立案受理。由于债务人下落不明，法院在立案后一般采用公告送达的形式传唤债务人应诉。公告期届满，债务人不应诉时，法院即对借贷人关系明确的案件经审理后作缺席判决。缺席判决后，尽管债务人下落不明，但经债权人申请，法院可以采取拍卖债务人房屋或财产的办法为债权人清偿债务。
2、由债务人向法院申请宣告债务人为失踪人，然后由代管人从失踪人的财产中支付借款。

《中华人民共和国民法典》第四十条
自然人下落不明满二年的，利害关系人可以向人民法院申请宣告该自然人为失踪人。
《中华人民共和国民法典》第四十三条
财产代管人应当妥善管理失踪人的财产，维护其财产权益。
失踪人所欠税款、债务和应付的其他费用，由财产代管人从失踪人的财产中支付。
财产代管人因故意或者重大过失造成失踪人财产损失的，应当承担赔偿责任。