您持有借款凭证但并无相关的转账记录，仍具备起诉的合法权利，但是这其中可能潜藏着一些潜在的风险。
借款凭证是用以确认以及证明借贷行为真实存在的关键性证据之一。
然而，若仅凭借款凭证，而对方对借款事实予以否认且提出了合理的反驳理由时，您可能需要进一步提供其他证据以证实款项确实已实际支付，例如证人证词、双方就借款事宜进行的交流记录等等。
然而，倘若借款金额相对较低，那么法院可能会依据借款凭证以及您所提供的陈述等多方面因素，综合判断借款事实是否真实存在。

《关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第十六条
原告仅依据金融机构的转账凭证提起民间借贷诉讼，被告抗辩转账系偿还双方之前借款或者其他债务的，被告应当对其主张提供证据证明。被告提供相应证据证明其主张后，原告仍应就借贷关系的成立承担举证责任。