关于借款协议逾期超过三年后是否失效的问题，必须依据实际情况作出具体分析。
若借款协议中已明确规定了还款期限，那么自该期限届满之日起的三年内若借款人未能主张自身权益，就有可能陷入超过法定诉讼时效的困境。
然而，倘若借款协议中并无明示还款期限，那诉讼时效便应从债权人提出还款要求之日开始起算。
当借款协议超过法定诉讼时效期限时，您依然有权向法律机构提起诉讼。
然而，如果对方以诉讼时效作为抗辩理由，您说面临败诉后果的可能性会有所增加。
在此种情况下，我们建议您尽可能搜集有关诉讼时效被中断的证据，例如在诉讼时效期间内您曾向对方提出过还款要求，或者存在与此相关的聊天记录、电话录音等。

《中华人民共和国民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。
诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。