在诉讼程序进行期间，若原告欲撤销对于借款协议的相关申诉请求，其有权在终审判决宣告之前向相应的司法机关提交撤诉申述。
而该司法机关则需依据个案的实际状况进行审核与判断，进而决定是否批准撤诉申请。
倘若在诉讼过程中出现了《中华人民共和国民事诉讼法》第一百五十四条中所列举的任何一种情形，如原告不幸离世且无继承人继承其诉讼权益，或者被告已故且无遗产可供执行或应承担责任的人员存在等，那么此项诉讼将会自动终止，借款协议的相关申诉亦将同步终止。
然而，在其他情况下，若原告的撤诉行为并未触犯法律法规及社会公共利益，同时也不会对其他当事人的合法权益造成侵害，那么司法机关通常会予以批准撤诉。
反之，若撤诉申请未能满足法律规定或存在其他不当情形，司法机关有权拒绝批准撤诉。
总而言之，原告可以通过向司法机关提交撤诉申请的方式来撤销对于借款协议的相关申诉，但最终能否获得批准还需要由司法机关进行裁决。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十八条
宣判前，原告申请撤诉的，是否准许，由人民法院裁定。
人民法院裁定不准许撤诉的，原告经传票传唤，无正当理由拒不到庭的，可以缺席判决。