关于借款凭证与借款协议在法律实效性方面的差异简述如下：首先是借款协议，根据现行法规，诉讼时效为自权利所有人要求侵权方承担债务并遭后者明确拒绝之日起计，时效长度为三年。
在此期间若未曾主张过权益，则将适用最长诉讼时效规则。
但是，应注意，若超过二十年，公权力将无法对权利进行有效的保护;
其次是借款凭证，依据规定，权利持有者必须在借款凭证出具后的第三年开始向司法机构宣告权益。
对于无具体履行期限的借款凭证，时效自凭证出具之日期效开始计算。

《民法典》第一百八十八条
向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。