双方经过协商，一致同意离婚，并且男方希望获得两个孩子的抚养权。
这种情况下，可以通过协议离婚的方式来办理相关手续。
首先，双方必须签订一份离婚协议书，在这份协议书中，要明确孩子的抚养权归属问题，比如确定男方拥有两个孩子的抚养权。
同时，还要规定女方需要支付的抚养费金额以及支付方式等相关事宜。
此外，协议中还应明确女方应配合男方办理孩子户口迁移的相关手续，以及女方的探视权利和时间等。
当协议签订完成后，双方需要一同前往婚姻登记机关申请离婚登记。
婚姻登记机关会对双方提交的材料进行严格审查，若发现符合离婚条件，便会予以登记，并颁发离婚证，至此，双方的婚姻关系正式解除。
然而，如果在孩子抚养权等关键问题上无法达成一致意见，那么就只能通过诉讼的方式来解决。
此时，法院会根据双方的具体情况以及孩子的利益等因素，进行综合考量后作出判决，确定孩子的抚养权归属。