针对父亲在负债状况下子女三周岁抚养权的处理事宜，通常会综合多个层面的因素进行考量。
若父亲的债务问题严重干扰了他为子女营造稳定的生活环境以及提供优质的成长条件，同时母亲在经济状况、住房稳定性、教育素养以及陪护孩子的时间安排上更为优越，那么母亲获得抚养权的概率将会相对较高。
然而，这并不是唯一的决定性因素，法院也会充分考虑到孩子对父母情感依赖的深度及广度等其他相关因素。

《中华人民共和国民法典》第一千零八十四条
父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。
离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。