对于未有合法婚姻证明的家庭中，存在两个未成年子女的情形而言，其监护权的分配问题应首先经由二位父母之间进行平等的磋商解决，若未能达成共识，则应尊重法律赋予的程序，向有管辖权的司法机关申请裁决。在此过程中，法院会依据相关法规及原则，从多个方面进行全面的考量与评估。例如：未满2周岁的子女，在无特殊情况下，一般会被判令交由女方作为首要抚养人；而针对年龄超过2岁但仍属未成年的子女，无论是父亲还是母亲，都有权提出抚养请求，此时法院将综合考虑各方面因素，如：家庭的经济状况、父母的个人素质、家庭生活环境、父母对子女的责任心、以及父母与子女间的情感亲密度等等。当子女年满8周岁时，他们的真实意愿将会被视为重要的参考因素之一。

《民法典》第一千零八十四条，父母与子女间的关系，不因父母离婚而消除。离婚后，子女无论由父或者母直接抚养，仍是父母双方的子女。
离婚后，父母对于子女仍有抚养、教育、保护的权利和义务。离婚后，不满两周岁的子女，以由母亲直接抚养为原则。
已满两周岁的子女，父母双方对抚养问题协议不成的，由人民法院根据双方的具体情况，按照最有利于未成年子女的原则判决。子女已满八周岁的，应当尊重其真实意愿。