男方已经协议离婚，但女方发现怀孕的，如果在离婚后，女方生下了孩子，要求男方支付抚养费和教育费的，男方应当承担相关费用。一般情况下，女方在怀孕期间、以及分娩后一年内或者终止妊娠后的六个月内，男方是不可以提出离婚的，但女方是可以自主决定是否离婚的。

《民法典》第一千零八十二条
女方在怀孕期间、分娩后一年内或者终止妊娠后六个月内，男方不得提出离婚；但是，女方提出离婚或者人民法院认为确有必要受理男方离婚请求的除外。