在偿还未付债务期间申请结婚注册，并不妨碍您取得婚姻证书。
首先需要明确的是，您是否能够顺利领得婚姻证书，其决定性因素并非是否涉及到债务官司。
对于此项事务的处理，国家层面主要依据《中华人民共和国民法典》中的相关记载，只有当男女两方都满足合法结婚的必要条件时，如自愿行使结婚权利、已达适婚年龄、并无任何法律条款限制他们结为夫妻等，那么他们就具备依法办理婚姻登记的资格。
然而，被指控拖欠债务确实属于一种典型的民事债务纠纷。
倘若当事人最终败诉并且拒绝履行约定的还款义务，那么他/她将有可能面临一系列的法律后果，例如被列入失信被执行人名单，这将会对其个人的信用记录以及经济活动造成诸多限制。
但是，这些潜在的法律风险与能否成功领取结婚证书之间并没有必然联系。

《中华人民共和国民法典》第一千零四十六条
结婚应当男女双方完全自愿，禁止任何一方对另一方加以强迫，禁止任何组织或者个人加以干涉。