协议离婚房屋补偿款应该怎么分配取决于被拆迁的房产是否夫妻共同财产。
如果被拆迁房屋属于夫妻共同财产，则由双方自行协商如何分配房屋补偿款，协商不成由法院判决；
如果该房产属于一方个人财产，则离婚时房屋补偿款归一方所有不进行分割。

《民法典》第一千零六十二条夫妻在婚姻关系存续期间所得的下列财产，为夫妻的共同财产，归夫妻共同所有：
（一）工资、奖金、劳务报酬；
（二）生产、经营、投资的收益；
（三）知识产权的收益；
（四）继承或者受赠的财产，但是本法第一千零六十三条第三项的除外；
（五）其他应当归共同所有的财产。
夫妻对共同财产，有平等的处理权。