关于长期分居情形下申请离婚的问题，可以选择通过协议方式或者提起诉讼来解除婚姻关系。
若为前者，关键在于夫妻二人就财产分配与子女抚养等事项达成共识；
若是后者，则需由法庭根据实际案情对夫妻情感关系做出裁决。
需要注意的是，长期分居虽可作为证明感情破裂的重要依据之一，却非决定性因素。
在审理过程中，法院将全面考量包括感情基础、分居原因、分居时长以及双方是否有重归于好的可能性等多方面因素。
通常而言，若因感情不合导致分居达到两年以上，且经过调解仍无法挽回，那么法庭应当准许离婚。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。