在特定的环境下，分居协议具备其合法有效性。
假设此份协议真实地反映了协议双方的意志自由，并且没有涉及任何形式的欺诈行为、压迫胁迫或者其他非法情形，同时也能保证其所规定的条款并不触犯现行的国家法律法规以及公共道德伦理规范，那么我们通常认为这样一份分居协议具有实质性的法律效应。
它能够对夫妻两人在分居阶段关于财产分配、孩子抚养权的归属、债务责任等相关事宜进行详细明确的约定，同时为双方当事人提供了一份可能的行动指南和权利体系，以此来实现保护各自权益的目的。

《中华人民共和国民法典》第一百四十三条
具备下列条件的民事法律行为有效：
（一）行为人具有相应的民事行为能力；
（二）意思表示真实；
（三）不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗。