关于在分居长达3年后进行离婚手续办理问题，当事人有两种选择途径，既可选择通过签署书面协定来实现和平协议离婚，又可寻求司法救济提起诉讼，请求解除婚姻关系。
具体办理程序如下所述:
首先，若夫妻双方均持有和平协议离婚的意向且由他们本人直接达成书面离婚协议，接下来需亲自前往当地婚姻登记机构提出离婚申请;
其次，若双方无法就离婚事宜达成共识，那么他们有权向法院提起离婚诉讼申请。
在这种情况下，符合“感情裂缝导致已连续分居至少3年”这一条件的，则意味着该理由足以令法院支持并宣布离婚的判决。
然而，履行离婚法律程序可能受到诸多条件的限制和要求:
第一，分居强调的是夫妻双方彼此间都不再遵守夫妻应尽的义务，而非仅有一方单独不再行使其对家庭的责任;
第二，分居的原因必须是因为夫妻之间的情感裂痕而最终导致的，而并非由于其他非感情因素引发的分居;
第三，如果已经存在情感裂痕的夫妻双方已经分离生活达到两年之久，但在经过调解后仍没有出现重新复合的可能性，那么在此基础上才能依法准予他们办理离婚手续。

《民法典》第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。
人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。
经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。