关于三年未同居能否自动解除婚姻关系这一问题，答案是否定的。
根据我国现行法律规定，即使夫妻双方因为情感不和而分别居住长达三年之久，仍然无法通过自然方式来解除婚姻关系。
然而，在这种情况下，当事人有权选择进行协议离婚或诉讼离婚两种途径来达到结束婚姻关系的目的。
首先，如果双方能够就离婚事宜达成共识，并且签署书面的离婚协议，那么他们只需前往结婚登记处办理相关手续，便可完成离婚过程。
在这份协议中，必须明确体现出各方同意离婚及对子女抚养权、财产分配以及债务清偿等相关事务达成一致的意愿。
其次，若一方对此存有异议，他/她可以拟定起诉状并准备足够的证据，向所在地法院提起离婚诉讼。
通常来说，若被证明因感情不合而持续分居达两年以上且经法院主持调解无效的话，法院将裁决批准离婚请求。

《民法典》
第一千零七十九条
夫妻一方要求离婚的，可以由有关组织进行调解或者直接向人民法院提起离婚诉讼。人民法院审理离婚案件，应当进行调解；如果感情确已破裂，调解无效的，应当准予离婚。
有下列情形之一，调解无效的，应当准予离婚：
（一）重婚或者与他人同居；
（二）实施家庭暴力或者虐待、遗弃家庭成员；
（三）有赌博、吸毒等恶习屡教不改；
（四）因感情不和分居满二年；
（五）其他导致夫妻感情破裂的情形。
一方被宣告失踪，另一方提起离婚诉讼的，应当准予离婚。经人民法院判决不准离婚后，双方又分居满一年，一方再次提起离婚诉讼的，应当准予离婚。