即使婚姻证书已经被毁损或者遗失，依然可以进行离婚程序。
此时，您可以选择通过签署书面的协议去婚姻登记部门申请离婚;
如果您无法达成共识，则可以向法院提起诉讼请求离婚。
然而在这种情况下，有必要向当地的婚姻登记局申请调出婚姻登记档案，或者选择重新申请并取得结婚证书后，再依法向法院提出离婚诉讼要求。

《中华人民共和国民法典》第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。