在签订的房屋买卖协议中，房屋建筑面积与房产证所标注的数据存在差异，但若未超过总建筑面积的3％，则应当以实际测量结果为准，据此计算并支付相应的房价款项；然而，若该差异超过了3％，那么买方有权选择终止该份合同，卖方需将已经收取的购房款项以及相关利息悉数退还给买方；如果买方仍然愿意继续执行该份合同，则可根据面积误差的具体比例以及双方事先约定的价格标准来确定是否需要由买方进行补充支付、卖方独自承担责任、卖方进行退款或双倍退款等处理方式。

《商品房销售管理办法》第二十条按套内建筑面积或者建筑面积计价的，当事人应当在合同中载明合同约定面积与产权登记面积发生误差的处理方式。合同未作约定的，按以下原则处理：（一）面积误差比绝对值在3%以内的，据实结算房价款；（二）面积误差比绝对值超出3%时，买受人有权退房。买受人不退房的，产权登记面积大于合同约定面积时，面积误差比在3%以内部分的房价款由买受人补足；超出3%部分的房价款由房地产开发企业承担，产权归买受人。产权登记面积小于合同约定面积时，面积误差比绝对值在3%以内部分的房价款由房地产开发企业返还买受人；绝对值超出3%部分的房价款由房地产开发企业双倍返还买受人。