在涉及到农村房屋产权纠纷案件的审判过程中，法院应该秉持着依法、合理的精神来做出公正妥当的判断和裁决。在做出处理决定之前，法院应该首先征询房屋管理相关部门的专业建议和意见。若相关部门认可并允许双方共有的权益，则法院可据此做出明确无误的判决，规定出双方各自享有的房屋产权比例。然而，若相关部门未能通过审批，许可双方共有产权，那么法院可以在明确划分出各方享有房屋份额的情况下，做出最终的判决，认定房屋的所有权归属与宅基地使用权相匹配的一方。

《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十五条当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。《中华人民共和国民事诉讼法》第一百四十五条法庭辩论终结，应当依法作出判决。判决前能够调解的，还可以进行调解，调解不成的，应当及时判决。《中华人民共和国民法典》第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。