当商铺租赁协议发生违约时，应采取如下适当的处理方式：首先，若违约行为导致合同所期望达到的根本性目的无法实现，则另一方当事方可依法解除该合同；其次，对于违约行为负有法律责任的一方当事人，应当承担起继续履行相关义务、对此采取有效补救措施或向相对方进行合理赔偿等方面的违约责任。

《中华人民共和国民法典》第五百七十七条当事人一方不履行合同义务或者履行合同义务不符合约定的，应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。第五百七十八条当事人一方明确表示或者以自己的行为表明不履行合同义务的，对方可以在履行期限届满前请求其承担违约责任。第五百八十二条履行不符合约定的，应当按照当事人的约定承担违约责任。对违约责任没有约定或者约定不明确，依据本法第五百一十条仍不能确定的，受损害方根据标的的性质以及损失的大小，可以合理选择请求对方承担修理、重作、更换、退货、减少价款或者报酬等违约责任。第五百八十五条当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。