若小产权房屋买卖协议不幸遗失，当事人应尝试通过联系相关方获取其副本，并在复印件上加盖与原始文件完全一致的印章或由签署人签署注解以示确认。此外，经买卖双方共同达成一致意见后，亦可另行签订新的小产权房屋买卖协议，明确声明先前的协议原件无效，原协议不再具有法律约束力。

《城市房地产管理法》第六十条国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。《民法典》第二百零九条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，经依法登记，发生效力；未经登记，不发生效力，但是法律另有规定的除外。依法属于国家所有的自然资源，所有权可以不登记。第二百一十四条不动产物权的设立、变更、转让和消灭，依照法律规定应当登记的，自记载于不动产登记簿时发生效力。