对于未进行备案的商品预售协议，其法律效力将被判定为无效，原因在于这一行为明显违背了我国相关行政法规的强制性规范。
根据《城市商品房预售管理办法》中的明确规定，开发商在进行商品房预售活动时，须与预期购买方签署商品房预售合同。
同时，开发商须在签订商品房预售合同时起的三十个自然日内，向当地房地产管理部门以及市、县级人民政府土地管理部门提交商品房预售合同的登记备案申请。

《城市商品房预售管理办法》第十条商品房预售，开发企业应当与承购人签订商品房预售合同。开发企业应当自签约之日起30日内，向房地产管理部门和市、县人民政府土地管理部门办理商品房预售合同登记备案手续。房地产管理部门应当积极应用网络信息技术，逐步推行商品房预售合同网上登记备案。商品房预售合同登记备案手续可以委托代理人办理。委托代理人办理的，应当有书面委托书。《民法典》第一百五十三条违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。违背公序良俗的民事法律行为无效。