房地产纠纷案件的法庭调解程序主要包括以下几个重要环节：
首先，在答辩期限届满之后但裁判结果尚未公布之前进行；或者在经过当事人各方同意后，也可以选择在答辩期届满之前启动调解程序。
其次，调解程序的启动可以是由于当事人的申请而展开，亦或是法院依据自身职权主动提出并得到了当事人的同意。
第三，在调解过程中，调解的主持人通常由一名审判员或合议庭成员共同担任。
最后，审判人员需要对存在争议的案件事实进行深入调查和了解，并在此基础之上依据相关法律法规明确划分责任归属；
同时，将当事人双方通过协商达成的调解协议具体内容记录在案，并要求双方当事人或其授权代表签字确认。

《中华人民共和国民事诉讼法》第九十三条人民法院审理民事案件，根据当事人自愿的原则，在事实清楚的基础上，分清是非，进行调解。