对于涉及非法建筑物的房屋租赁协议纠纷的处理方式如下：若出租方和承租方签订租赁协议时，该建筑物并未经相关部门批准或虽已得到批准但在实际建设中违反了批准的内容，那么此类租赁协议将会被认定为无效。在此情况下，应将涉案房屋归还出租方，同时根据具体情况，对承租方因该租赁协议所遭受的直接经济损失给予适当赔偿。
然而，如果涉案协议中的其他条款法律效力不受上述情形影响，则这些条款仍应视为合法有效。因此，双方此前基于有效条款已经履行的义务也应当予以尊重与认可。

《民法典》第一百五十六条民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。《民法典》第一百五十七条民事法律行为无效、被撤销或者确定不发生效力后，行为人因该行为取得的财产，应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。有过错的一方应当赔偿对方由此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。法律另有规定的，依照其规定。