在房地产交易纠纷案件中，违约金的计算方式如下：倘若在购房协议或者合同中有明确约定违约责任及违约金金额的条款，则应遵循该约定；若尚未作出书面明确约定，方依照相关法条规定予以裁决，例如：若支付定金的一方发生违约行为，其先前交付的定金将被不予退还；反之，若是接受定金的一方出现违约情况，则需向对方双倍返还已收到的定金，由此实现公平公正原则。当纠纷双方均存在过错时，需依据各自主观过失程度加以划分承担责任的比例。若违约金无法完全弥补受害方所遭受的实际经济损失，则可依法请求违约方对受害方所承受的全部经济损失进行赔偿。

《民法典》第五百八十五条
【违约金】
当事人可以约定一方违约时应当根据违约情况向对方支付一定数额的违约金，也可以约定因违约产生的损失赔偿额的计算方法。
约定的违约金低于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以增加；
约定的违约金过分高于造成的损失的，人民法院或者仲裁机构可以根据当事人的请求予以适当减少。
当事人就迟延履行约定违约金的，违约方支付违约金后，还应当履行债务。
第五百八十七条
债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。
给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；
收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。