商品房预售合同备案办理流程如下所示：
第一步：申请阶段当事人向相关部门提交申请，同时附带所需提交的各项申请材料。受理窗口工作人员会对申请材料进行详细核实，若申请材料欠缺或存在问题无法完成申请的，则需要告知申请人，并发给他们一份《退件通知单》，同时将全部申请材料予以退还；对于申请材料虽然完备但仍存在不足之处的情况，受理窗口工作人员会出具《补件通知单》，以便申请人明确了解所需补充的具体内容和要求。
第二步：受理阶段当申请材料符合法律法规且完整无缺时，受理窗口工作人员会为申请人开具《收件收据》，并将所有申请材料移交给审批科进行进一步处理。
第三步：初审阶段审批科经办人员会对收到的申请材料进行初步审查，并填写《商品房预售备案登记表》。随后，将审查完毕的材料递交至科领导进行最终审核。
第四步：审核阶段审批科负责人在确认申请材料无误后，会在《商品房预售备案登记表》上加盖备案专用章。
第五步：领取阶段申请人可凭借《收件收据》前往相关部门领取已经加盖了备案专用章的《商品房预售备案登记表》。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十四条商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。《城市房地产开发经营管理条例》第二十七条房地产开发企业应当自商品房预售合同签订之日起30日内，到商品房所在地的县级以上人民政府房地产开发主管部门和负责土地管理工作的部门备案。《城市房地产开发经营管理条例》第三十二条商品房预售合同订立后，应当按照规定向房地产经营主管部门备案。