商铺租赁合同纠纷的妥善处理办法如下：
首先应尝试通过双方友好协商达成共识，达到化解矛盾的目的。若双方无法就某些具体事项达成一致时，可寻求司法途径加以解决，即向当地法院提起诉讼。法院在收到相关案件并予以正式立案后，将对案件展开前期调查，此过程中通常以调解前置为原则。如调解无果，则将对案件启动正式审理程序。在存在明确仲裁条款的情况下，当事人有权选择提请仲裁机构进行裁决。
此外，根据我国现行法律法规，还存在其他法定的解决途径供当事人选择。《中华人民共和国仲裁法》第二条规定，凡涉及到平等主体间的公民、法人及其他组织之间因合同纠纷以及其他财产权益纠纷而产生的争议，均可提交仲裁机构进行仲裁裁决。

《民法典》第四百七十条
合同的内容由当事人约定，一般包括下列条款：
（一）当事人的姓名或者名称和住所；
（二）标的；
（三）数量；
（四）质量；
（五）价款或者报酬；
（六）履行期限、地点和方式；
（七）违约责任；
（八）解决争议的方法。当事人可以参照各类合同的示范文本订立合同。
《民事诉讼法》第一百二十二条
当事人起诉到人民法院的民事纠纷，适宜调解的，先行调解，但当事人拒绝调解的除外。
《中华人民共和国仲裁法》第二条
平等主体的公民、法人和其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷，可以仲裁。