关于农村宅基地纠纷的处理方式主要以申诉或者起诉为主。若涉及到的争议双方为自然人之间、或是自然人与法人组织之间的话，当事人有权选择向所属乡镇级别的人民政府进行申请调解；倘若争议双方为法人组织之间的话，当事人则需要向位于争议土地所属县市区级别的国土资源管理部门递交申请，以获取调查处理。

《土地权属争议调查处理办法》第五条个人之间、个人与单位之间、单位与单位之间发生的争议案件，由争议土地所在地的县级国土资源行政主管部门调查处理。前款规定的个人之间、个人与单位之间发生的争议案件，可以根据当事人的申请，由乡级人民政府受理和处理。第六条设区的市、自治州国土资源行政主管部门调查处理下列争议案件：(一)跨县级行政区域的；(二)同级人民政府、上级国土资源行政主管部门交办或者有关部门转送的。