商品房预售合同备案流程主要包括以下环节：
首先，申请人需向相关部门递交申请，并随附所需的各项材料；
然后，接收到申请的工作人员会逐一检查材料的完整性，对于无法处理的情况将予以退还，同时发放《退件通知书》，并将所有原始材料归还给申请人；若发现材料存在缺失，则会开具《补件通知书》给申请人，并详细告知其需要补充的具体内容和要求。
其次，在确认材料合法且齐全之后，受理窗口的工作人员会为申请人开具《收件收据》，并将所有材料移交给审批科进行进一步审核。接着，审批科的经办人员会对申报材料进行初步审查，并填写《商品房预售备案登记表》，随后将材料呈报至科领导进行最终审核。
最后，审批科负责人在审核通过后，会在《商品房预售备案登记表》上加盖备案印章，并根据申请人的《收件收据》，为其颁发已经盖章的《商品房预售备案登记表》。

《中华人民共和国城市房地产管理法》第四十四条商品房预售人应当按照国家有关规定将预售合同报县级以上人民政府房产管理部门和土地管理部门登记备案。《城市房地产开发经营管理条例》第二十七条房地产开发企业应当自商品房预售合同签订之日起30日内，到商品房所在地的县级以上人民政府房地产开发主管部门和负责土地管理工作的部门备案。《城市房地产开发经营管理条例》第三十二条商品房预售合同订立后，应当按照规定向房地产经营主管部门备案。