在农村地区发生涉及房屋与土地交易的矛盾时，应当优先选择通过友好协商的方式加以妥善处理。如果经过积极协商仍然未能达成共识，当事人便可寻求当地的人民调解委员会进行调解。若调解手段仍无法解决争端，当事人还可依据相关仲裁协议提出仲裁请求。
然而，若争议问题过于复杂或调解无效，那么便可直接向法院提起诉讼以解决纠纷。需要注意的是，向法院申诉解决因民事纷争引发的问题时效为现行法律规定的三年时间限制。

《民法典》第一百八十八条向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间为三年。法律另有规定的，依照其规定。诉讼时效期间自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。法律另有规定的，依照其规定。但是，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护，有特殊情况的，人民法院可以根据权利人的申请决定延长。