关于房屋预付款协议引发纷争的相应处理方法如下：在通常情况下，双方当事人应当通过友好协商来寻求解决之道，若协商未果，他们有权向主管机关提出调解申请，亦或是依据之前签订的仲裁协议，向相关仲裁机构提起仲裁请求。
然而，如果以上途径均未能妥善解决问题，那么他们还可以选择向法院提起诉讼。
此外，当当事人因为一方未能履行其债务义务或者履行债务行为与约定不符，从而导致合同目的无法实现时，所引发的争议，可以依照定金罚则进行处理。

《中华人民共和国民法典》第五百八十六条当事人可以约定一方向对方给付定金作为债权的担保。定金合同自实际交付定金时成立。第五百八十七条债务人履行债务的，定金应当抵作价款或者收回。给付定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，无权请求返还定金；收受定金的一方不履行债务或者履行债务不符合约定，致使不能实现合同目的的，应当双倍返还定金。第二百三十三条物权受到侵害的，权利人可以通过和解、调解、仲裁、诉讼等途径解决。