对于农村房屋拆迁纠纷问题，我们应该结合实际情形进行妥善处理，其主要方式包括以下几种：首先，由涉事双方自行协商解决问题；其次，当事人亦可请求相关政府或其他社会组织进行调解并依照法律程序予以处置；再次，若对行政部门所做的处理结果不满意，当事人有权向司法机关提出行政诉讼。依据相关法律条文规定，土地区域的所有权及使用权纠纷应先由当事人通过协商加以解决；如协商无果，则交由当地人民政府进行处理。而在单位间发生的争议，则由县级以上人民政府负责处理；至于个人与单位之间的纷争，则由乡级人民政府或县级以上人民政府负责处理。若当事人对相关人民政府做出的处理决定持有异议，可在收到处理决定通知书之日起三十日内向人民法院提起诉讼。在解决土地所有权和使用权纠纷之前，任何一方均不得擅自改变土地利用现状。

《中华人民共和国土地管理法》第十四条
土地所有权和使用权争议，由当事人协商解决；协商不成的，由人民政府处理。
单位之间的争议，由县级以上人民政府处理；个人之间、个人与单位之间的争议，由乡级人民政府或者县级以上人民政府处理。
当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。
在土地所有权和使用权争议解决前，任何一方不得改变土地利用现状。