针对因购房者行为引发的房产证纠纷问题，我们提供以下处理建议：首先，对于提交至相关机构办理房产证过程中出现的资料不合规情况，应立即予以纠正，并可咨询有关工作人员，确保依法依规办理各项手续，避免出现不必要的延误和损失；其次，在少数购房者入住后采取违法建设方式，导致规划部门无法颁发房屋竣工验收合格证的情况下，此类违规建设必须得到迅速整改，以保证顺利完成房产证办理手续。

《民法典》第二百一十六条不动产登记簿是物权归属和内容的根据。不动产登记簿由登记机构管理。第二百一十七条不动产权属证书是权利人享有该不动产物权的证明。不动产权属证书记载的事项，应当与不动产登记簿一致；记载不一致的，除有证据证明不动产登记簿确有错误外，以不动产登记簿为准。