关于小产权房屋在法院判决中的处理方式，具体分为了以下三类情形：第一种是对于在本集体内自行建造或购入的小产权房屋，法院通常会依法作出使用权裁决；第二种则是针对购得并非本集体内的小产权房屋，法院通常倾向于不进行干预或者尊重购房者与另一半达成的共同协议；最后一种情况是在离婚诉讼中，若当事人尚未取得小产权房屋所有权证书，那么在大多数情况下，法院将不会针对此类问题进行处理。

《民法典》第一千零八十七条【离婚时夫妻共同财产的处理】离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理;协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
第一千零八十九条【离婚时夫妻共同债务清偿】离婚时，夫妻共同债务应当共同偿还。共同财产不足清偿或者财产归各自所有的，由双方协议清偿;协议不成的，由人民法院判决。